Con la intención de aportar esplendor a las celebraciones litúrgicas que debieran realizarse en la Santa Capilla de San Andrés, nace su capilla musical teniendo su origen y desarrollo parecido a las de las catedrales, habiendo constancia de ésta ya en el primer tercio del siglo XVI, contando con el cargo de maestro incluso antes que la catedral de Jaén, en la persona de Francisco de Ribera. La capilla agruparía un pequeño número de músicos que, posteriormente, aumentaría.
Siguiendo los estatutos de la cofradía de la Santa Capilla se fijarían el número de componentes de dicha capilla musical, así como el cargo de organista. También quedan regulados en dichos estatutos las funciones y obligaciones de los músicos que, para su maestro, consistirían en dirigir la capilla, enseñar canto y la composición de las obras musicales necesarias para la solemnidad del culto. En definitiva, esta capilla musical tendría un funcionamiento y organización similares a cualquier otra capilla musical de carácter religioso, teniendo como principal responsable al maestro, y debiendo obediencia a éste cantores, ministriles, mozos de coro y organista.
Los puestos de maestro y organista también serían cubiertos aquí por el procedimiento de oposición, generalmente.
Durante el siglo XVI dirigieron la capilla, entre otros, Martín de Fuente, Juan de Vilches y Diego Jiménez; habiendo constancia de Francisco de Ribera como primer maestro de su historia, en 1528. Como organistas, podríamos hablar de Diego de Palma (el más antiguo, en 1523), Pedro Rodríguez y Diego de Paredes, entre otros más.
Durante esta época no se aprecia todavía una estabilidad en el número de componentes de la capilla musical.
Hasta principios del XVII, la capilla solo disponía de una sección vocal, incorporándose en 1605 diferentes ministriles que tocarían el bajón, las chirimías y el sacabuches, pudiendo el organista tocar también la guitarra o el arpa, lo cual contribuiría positivamente a su calidad musical, momento en el que estaba su dirección a cargo de Juan Benítez de Riscos, natural de Jaén.
Unos años después, en 1634, la capilla mermaría en miembros, tanto vocales como instrumentales, motivado por las calamidades que se dan en los años precedentes, llegando en 1662 a una situación tal que se ve obligada a recurrir a músicos externos para poder mantener un repertorio mínimo. También figurarían en este siglo como maestros Manuel del Portillo, Francisco de Medina Cobo, Bartolomé de Navarrete, entre otros; y como organistas Sebastián de Oviedo, Gaspar de Pancorbo, Juan de la Peña, por citar a algunos.
En el último tercio de siglo, el número de sus miembros vuelve a recuperarse ligeramente, incorporándose ya en el siglo XVIII instrumentos como el violón, el violín y el oboe, en un afán de renovación por parte de su maestro Antonio Armenteros, a la vez que desaparecería la chirimía. Posteriormente a éste, podríamos mencionar como maestros a Francisco de Zarza y a Antonio Rafael Cantero, entre otros.
Pronto, la capilla musical volvería a asistir a una nueva decadencia en su composición originada por la desfavorable situación económica y por los problemas internos.
A mitad del siglo desaparecerían de la capilla el sacabuches y la corneta, haciendo su aparición la trompa en el último cuarto de siglo.
En 1797 se estrenaría nuevo órgano, que es el que actualmente se conserva.
En este siglo contarían con organistas como Antonio de la Peña, Juan Moreno, Antonio Ramírez Arellano, etc.
En el siglo XIX, al igual que otras capillas y como efecto de la desamortización de Mendizábal, la capilla desaparece prácticamente, quedando solo los músicos imprescindibles para asegurar la música en el culto y en ocasiones muy concretas. Poco después, desaparecería de forma definitiva.
Durante este siglo XIX podríamos mencionar como organistas a Juan de Abolafia, Luis Quevedo, Mariano García, Antonio Medina y Ortiz, Francisco Espejo, entre otros.